审计处是学校常设行政机构，成立于1987年。1991年学校成立监察审计处，与纪委合署办公。1996年初，为加强学校审计工作，确保审计部门更有效履行职能，学校党政会议决定审计处独立。1999年，高校管理体制进一步深化，1月5日，学校召开党委常委扩大会议研究机关机构设置问题。1月8日，下发了辽大党发[1999]1号文件《关于我校机关机构的设置的决定》，将审计处并入纪委。其中，2001年5月至2007年5月期间招标及采购办公室并归审计处。2018年经学校党委会研究决定，审计处作为独立内部机构行使内部审计职能。